kegg+pathway
@赏趴6109：请教,David或KEGG 如何对一组基因做pathway分析 -
官姚13147536390…… David或KEGG 如何对一组基因做pathway分析 首先打开KEGG搜索界面,如下图.Search against输入＂hsa＂,PrimaryID 类型选择“NCBI-GeneID”,在“Enter objects one per line followed by bgcolor, fgcolor”下方文本框中输入要查询的基因名“GPX1”.在“Examples”下方选择“人”的通路.点击“Exec”,弹出查询到的通路.点击其中任何一个通路,弹出通路图界面.其中的红色块即为该基因或该基因相关的基因.点击红色块,弹出界面可以查看详细的信息.
@赏趴6109：请教如何应用KEGG做pathway分析的问题 -
官姚13147536390…… 最简单的方法是用David在线工具.这里有详细的protocols: Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID Bioinformatics Resources. Nature Protoc. 2009;4(1):44-57.
@赏趴6109：kegg pathway 是什么意思 -
官姚13147536390…… kegg pathway 网络 KEGG通路; pathway 英[ˈpɑ:θweɪ] 美[ˈpæθweɪ] n. 路,道; 途径,路径; [例句]Richard was coming up the pathway. 理查德正沿着小路走过来. [其他] 复数:pathways
@赏趴6109：如何利用KEGG找模式菌的所有氨基酸代谢途径 -
官姚13147536390…… 登陆http://www.genome.jp/kegg 输入你要找的氨基酸名称,例如找丙氨酸就输入alanine,单击go.搜代谢途径的话可以在Search后选择KEGG PATHWAY.单击map00???查看代谢途径.
@赏趴6109：请教如何应用KEGG做pathway分析的问题 -
官姚13147536390…… 网页链接这个网址,输入你要分析的基因的fasta格式
@赏趴6109：怎么获得化合物的kegg compound号 -
官姚13147536390…… 1.打KEGG数据库首页链接:所示:点击KEGG PATHWAY字链接见界面:直往看发现KEGG数据针pathway做类主要包含Metabolism、Genetic Information Processing、Environmental Information Processing、Cellular Process、Organismal ...
@赏趴6109：求助KEGG pathway的图是用什么软件画出来的 -
官姚13147536390…… KEGG是他们自己做的 其他的要自己做的话很多软件都可以 比如celldesigner(貌似是这么个名) 做pathway相关的软件貌似都可以
@赏趴6109：如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路 -
官姚13147536390…… 如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路代谢通路:目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的,有大约90个参考代谢途径的图形.每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络.利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路:先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因.然后合理地安排EC号.最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来.
@赏趴6109：GO 和 KEGG 的区别 -
官姚13147536390…… 一直都搞不清楚这两者的具体区别,只知道是将基因富集到代谢上. 前者是功能注释,即每个基因可能参与哪些pathway terms 或者 GO terms,没有阀值的. 后者是功能富集,即基因集(多个基因)可能显著的集中在哪些功能上面 例如选择P...
官姚13147536390…… David或KEGG 如何对一组基因做pathway分析 首先打开KEGG搜索界面,如下图.Search against输入＂hsa＂,PrimaryID 类型选择“NCBI-GeneID”,在“Enter objects one per line followed by bgcolor, fgcolor”下方文本框中输入要查询的基因名“GPX1”.在“Examples”下方选择“人”的通路.点击“Exec”,弹出查询到的通路.点击其中任何一个通路,弹出通路图界面.其中的红色块即为该基因或该基因相关的基因.点击红色块,弹出界面可以查看详细的信息.
@赏趴6109：请教如何应用KEGG做pathway分析的问题 -
官姚13147536390…… 最简单的方法是用David在线工具.这里有详细的protocols: Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID Bioinformatics Resources. Nature Protoc. 2009;4(1):44-57.
@赏趴6109：kegg pathway 是什么意思 -
官姚13147536390…… kegg pathway 网络 KEGG通路; pathway 英[ˈpɑ:θweɪ] 美[ˈpæθweɪ] n. 路,道; 途径,路径; [例句]Richard was coming up the pathway. 理查德正沿着小路走过来. [其他] 复数:pathways
@赏趴6109：如何利用KEGG找模式菌的所有氨基酸代谢途径 -
官姚13147536390…… 登陆http://www.genome.jp/kegg 输入你要找的氨基酸名称,例如找丙氨酸就输入alanine,单击go.搜代谢途径的话可以在Search后选择KEGG PATHWAY.单击map00???查看代谢途径.
@赏趴6109：请教如何应用KEGG做pathway分析的问题 -
官姚13147536390…… 网页链接这个网址,输入你要分析的基因的fasta格式
@赏趴6109：怎么获得化合物的kegg compound号 -
官姚13147536390…… 1.打KEGG数据库首页链接:所示:点击KEGG PATHWAY字链接见界面:直往看发现KEGG数据针pathway做类主要包含Metabolism、Genetic Information Processing、Environmental Information Processing、Cellular Process、Organismal ...
@赏趴6109：求助KEGG pathway的图是用什么软件画出来的 -
官姚13147536390…… KEGG是他们自己做的 其他的要自己做的话很多软件都可以 比如celldesigner(貌似是这么个名) 做pathway相关的软件貌似都可以
@赏趴6109：如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路 -
官姚13147536390…… 如何利用KEGG定位基因属于哪个代谢通路代谢通路:目前在通路数据库(PATHWAY database) 中代谢通路是建立得最好的,有大约90个参考代谢途径的图形.每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络.利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有 的代谢通路:先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因.然后合理地安排EC号.最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物 结合起来.
@赏趴6109：GO 和 KEGG 的区别 -
官姚13147536390…… 一直都搞不清楚这两者的具体区别,只知道是将基因富集到代谢上. 前者是功能注释,即每个基因可能参与哪些pathway terms 或者 GO terms,没有阀值的. 后者是功能富集,即基因集(多个基因)可能显著的集中在哪些功能上面 例如选择P...
