rna二级结构预测软件
@闻泰2025：求助预测RNA二级结构的软件,适合win7 -
言享19423324132…… MATLAB中的工具箱有rnafold(s)是较好的预测软件,还有pknotsRG软件,我现在win7下一直在用的预测RNA假结结构的软件,可以预测长序列!
@闻泰2025：已知RNA的二级结构,用哪个软件可以测得它的自由能 -
言享19423324132…… RNAstructure可以,把自由能差别那项调大一点就可以了.RNAstructure网上有免费下的.
@闻泰2025：如何使用Mfold软件?预测RNA的二级结构? -
言享19423324132…… 预测RNA二级结构如下进行:1. 选择file|RNA fold single strand启动模块,单击sequence按键,打开对话框以载入序列,此序列必需以.SEQ为扩展文件名,其它序列文件可在序列编辑器中转为此格式.注意必需为大写字母.2. 输入文件名后,缺...
@闻泰2025：蛋白质结构设计软件 -
言享19423324132…… 网上有很多关于蛋白质的结构预测软件,预测后会返回一个后缀名为*.phd的文件,这个文件专用软件打开后就可以看预测结果,可以做的很漂亮的,我的论文中就用了一些预测结果,感觉很cool.下面给你列出两个我用过的预测蛋白结构用的网...
@闻泰2025：关于RNA二级结构预测——sfold法一系列问题 -
言享19423324132…… 1 什么软件可以预测RNA二级结构:在线的有:mfold http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold RNAfold http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi 还有你老师指定的SFold http://sfold.wadsworth.org/cgi-bin/index.pl 教程什么的你上网页看看,自己随...
@闻泰2025：蛋白质结构软件 -
言享19423324132…… 从我之前硬盘里存的资料复制到这里: 资料稍有些老了,版本估计都更新了. 不过仍然可以参考. 3. 大分子二维/三维结构绘图软件: PyMol 0.99,有1.0,可惜要钱了,也没有P-J.蛋白质三维结构查看软件,神奇的就在于它可以编辑小范围...
@闻泰2025：蛋白质二级结构预测软件的推荐及具体介绍 -
言享19423324132…… Modeller是一个蛋白质结构预测的软件: 1)支持安装在windows平台上; 2)支持基于多个模版模建结构; 3)它自身带一套模建结构后的优化,分析软件; 官方介绍: MODELLER is used for homology or comparative modeling of protein three...
@闻泰2025：有没有根据序列预测蛋白质结构的软件 -
言享19423324132…… 当然有根据序列预测蛋白质结构的软件 比如nnPredict,预测全alpha蛋白、全beta蛋白和alpha/beta蛋白的二级结构 PredictProtein,提供了序列搜索和结构预测服务.先搜索相似序列,然后构建多序列比对的轮廓,再在数据库中搜索相似的轮廓,然后用
@闻泰2025：用什么软件能分析一个基因的核糖体结合位点 -
言享19423324132…… 核糖体小亚基先和mRNA5'端帽子结合,然后沿mRNA从5'端向3'端开始扫描,当遇到第一个ATG时便停下来,然后大亚基和一些起始因子结合上来,开始翻译.当然,你可以用软件分析一下RNA的二级结构,如果第一个ATG在一个很大的发夹结构中,这个基因的表达可能会失败.如果第一个ATG周围的序列符合KOZAK序列(NNNPuNNATGG),小亚基将会在此驻留较长的时间,从而更有利于组装成完整的核糖体,使翻译效率提高.
@闻泰2025：obseved secondary structure 什么意思?它和predicted secondary structure有什么区别? -
言享19423324132…… predicted secondary structure:(软件或网站)预测的(蛋白、RNA,DNA)二级结构;observed secondary structure:是经过实验证明了的二级结构.二者一般放在一起进行比较,也就是说,预测出来的二级结构要经过实验的验证才能证实该结构是正确的或者是合理的.
言享19423324132…… MATLAB中的工具箱有rnafold(s)是较好的预测软件,还有pknotsRG软件,我现在win7下一直在用的预测RNA假结结构的软件,可以预测长序列!
@闻泰2025：已知RNA的二级结构,用哪个软件可以测得它的自由能 -
言享19423324132…… RNAstructure可以,把自由能差别那项调大一点就可以了.RNAstructure网上有免费下的.
@闻泰2025：如何使用Mfold软件?预测RNA的二级结构? -
言享19423324132…… 预测RNA二级结构如下进行:1. 选择file|RNA fold single strand启动模块,单击sequence按键,打开对话框以载入序列,此序列必需以.SEQ为扩展文件名,其它序列文件可在序列编辑器中转为此格式.注意必需为大写字母.2. 输入文件名后,缺...
@闻泰2025：蛋白质结构设计软件 -
言享19423324132…… 网上有很多关于蛋白质的结构预测软件,预测后会返回一个后缀名为*.phd的文件,这个文件专用软件打开后就可以看预测结果,可以做的很漂亮的,我的论文中就用了一些预测结果,感觉很cool.下面给你列出两个我用过的预测蛋白结构用的网...
@闻泰2025：关于RNA二级结构预测——sfold法一系列问题 -
言享19423324132…… 1 什么软件可以预测RNA二级结构:在线的有:mfold http://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold RNAfold http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi 还有你老师指定的SFold http://sfold.wadsworth.org/cgi-bin/index.pl 教程什么的你上网页看看,自己随...
@闻泰2025：蛋白质结构软件 -
言享19423324132…… 从我之前硬盘里存的资料复制到这里: 资料稍有些老了,版本估计都更新了. 不过仍然可以参考. 3. 大分子二维/三维结构绘图软件: PyMol 0.99,有1.0,可惜要钱了,也没有P-J.蛋白质三维结构查看软件,神奇的就在于它可以编辑小范围...
@闻泰2025：蛋白质二级结构预测软件的推荐及具体介绍 -
言享19423324132…… Modeller是一个蛋白质结构预测的软件: 1)支持安装在windows平台上; 2)支持基于多个模版模建结构; 3)它自身带一套模建结构后的优化,分析软件; 官方介绍: MODELLER is used for homology or comparative modeling of protein three...
@闻泰2025：有没有根据序列预测蛋白质结构的软件 -
言享19423324132…… 当然有根据序列预测蛋白质结构的软件 比如nnPredict,预测全alpha蛋白、全beta蛋白和alpha/beta蛋白的二级结构 PredictProtein,提供了序列搜索和结构预测服务.先搜索相似序列,然后构建多序列比对的轮廓,再在数据库中搜索相似的轮廓,然后用
@闻泰2025：用什么软件能分析一个基因的核糖体结合位点 -
言享19423324132…… 核糖体小亚基先和mRNA5'端帽子结合,然后沿mRNA从5'端向3'端开始扫描,当遇到第一个ATG时便停下来,然后大亚基和一些起始因子结合上来,开始翻译.当然,你可以用软件分析一下RNA的二级结构,如果第一个ATG在一个很大的发夹结构中,这个基因的表达可能会失败.如果第一个ATG周围的序列符合KOZAK序列(NNNPuNNATGG),小亚基将会在此驻留较长的时间,从而更有利于组装成完整的核糖体,使翻译效率提高.
@闻泰2025：obseved secondary structure 什么意思?它和predicted secondary structure有什么区别? -
言享19423324132…… predicted secondary structure:(软件或网站)预测的(蛋白、RNA,DNA)二级结构;observed secondary structure:是经过实验证明了的二级结构.二者一般放在一起进行比较,也就是说,预测出来的二级结构要经过实验的验证才能证实该结构是正确的或者是合理的.
